Le 6 juillet 2017, Atef Sahli, candidat au doctorat en sciences forestières à l’Univ. Laval et membre de la Chaire de recherche du Canada en génomique forestière, a présenté avec succès sa thèse intitulée « Variations de nombre de copies dans l’espace génique chez l’épinette blanche ». Les travaux d’Atef ont permis de mettre en lumière l’importance d’un nouveau type de polymorphisme génétique de grande taille dans le génome de l’épinette blanche, les variations de nombre de copies orthologues chez les gènes, au-delà de la stricte diploïdie de l’épinette. Ces variations peuvent influencer le fonctionnement des gènes et différents traits phénotypiques chez les espèces animales et les plantes annuelles. À l’aide du génotypage de milliers d’épinettes blanches pour des milliers de gènes, Atef a estimé l’abondance de ces polymorphismes dans la partie génique du génome. Il a notamment démontré que les taux de mutation étaient élevés avec de fréquentes distorsions de transmission affectant un grand nombre de gènes. Le jury d’évaluation était constitué de Jean Bousquet, directeur de recherche (Chaire en génomique forestière), John Mackay, codirecteur de recherche (Dept. of Plant Sciences, Univ. d’Oxford), Simon Joly, examinateur externe (Institut de recherche en biologie végétale et Dép. des sciences biologiques de l’Univ. de Montréal), François Belzile, examinateur interne (Faculté d’agriculture et Institut de biologie intégrative et des systèmes), et Ilga Porth, examinatrice interne (Chaire en génomique forestière). La défense était présidée par Nancy Gélinas, vice-doyenne de la Faculté de foresterie, géographie et géomatique. Bravo Atef!

Spruce-Up (Génomique avancée des épinettes pour des forêts productives et résilientes) est un grand projet national dont la mission est d’accélérer par la génomique le développement et le déploiement de variétés améliorées d’épinettes qui seront plus résistantes aux attaques d’insectes et à la sécheresse, qui seront plus efficaces au niveau de leur nutrition et qui afficheront de meilleures qualités du bois et de productivité. Les épinettes sont de loin les arbres les plus plantés au Canada, avec des centaines de millions de semis à chaque année. La diversité génétique naturelle des épinettes est élevée, ce qui permet la sélection de variétés améliorées à l’aide des méthodes conventionnelles maintenant accélérées par les approches génomiques. Le déploiement rapide de telles épinettes devrait plus que doubler le rendement économique des plantations, en augmentant la valeur des arbres et en réduisant également les pertes découlant des stress environnementaux dans un contexte de changements climatiques. Le projet est appuyé financièrement par une vaste gamme d’organisations dont Génome Canada, Génome Québec, Génome BC et Génome Alberta. Il regroupe des chercheurs de l’Université Laval, de l’Université de Colombie-Britannique, de l’Université d’Alberta, de l’Université de Toronto, de l’Université d’Oxford en Angleterre et du Max Planck Institute for Chemical Ecology en Allemagne, ainsi que des chercheurs et améliorateurs de Ressources Naturelles Canada, du Centre canadien pour la fibre du bois, du Ministère des forêts, de la faune et des parcs du Québec, de Forest Products Innovations et du Ministère des forêts de la Colombie-Britannique.

Le 29 mai 2017, Mebarek Lamara, candidat au doctorat en sciences forestières à l’Univ. Laval et membre de la Chaire de recherche du Canada en génomique forestière, a présenté avec succès sa thèse intitulée « Architecture génétique des caractères reliés au bois, à la croissance et à la résistance contre la tordeuse des bourgeons de l’épinette chez l’épinette blanche ». Les travaux de Mebarek ont permis de mettre en évidence qu’un nombre élévé de gènes étaient génétiquement associés à la croissance et aux caractères de bois, mais que ces gènes étaient reliés entre eux par des réseaux d’expression mis en lumière pour la première fois chez un conifère. Un nombre moins élevé de gènes étaient génétiquement associés à des caractères de résistance à la tordeuse des bourgeons de l’épinette comme la picéine et le picéol, mais ils expliquaient collectivement une large part de la variation observée. Ces résultats ouvrent la voie à des applications notamment dans le suivi de la diversité naturelle reliée à l’adaptation. Le jury d’évaluation était constitué de Jean Bousquet, directeur de recherche (Chaire en génomique forestière), John Mackay, codirecteur de recherche (Dept. of Plant Sciences, Univ. d’Oxford), Christophe Plomion, examinateur externe (directeur de recherche à l’INRA de Bordeaux), Martin Perron, examinateur externe (Direction de la recherche forestière, MFFP), et Jean Beaulieu, examinateur interne (Chaire en génomique forestière). La défense était présidée par Alexis Achim, directeur du programme gradué en sciences forestières. Bravo Mebarek!

Le 1er février 2017, Juliana Stival Sena, candidate au doctorat en sciences forestières à l’Université Laval et membre de la Chaire de recherche du Canada en génomique forestière, a présenté avec succès sa thèse intitulée « L’évolution structurelle et fonctionnelle des gènes chez les conifères ». Les travaux de Juliana ont permis de démontrer que l’évolution de la structure des gènes est dynamique chez les conifères, et qu’un grand nombre de duplications de gènes chez la famille des déhydrines s’étaient produites au fil des dizaines de millions d’années depuis l’origine des Pinaceae. De plus, elle a démontré que ces gènes étaient reliés de différentes façons à l’adaptation à la sécheresse. Ces résultats offrent de nombreuses pistes de recherche en ce qui concerne les bases génétiques du développement et de l’adaptation aux variations climatiques chez les conifères, et pour la cartographie de la diversité génétique de ces gènes au niveau spatial. Le jury d’évaluation était constitué de Jean Bousquet, directeur de recherche (Chaire de recherche du Canada en génomique forestières, Université Laval), John Mackay, codirecteur de recherche (Department of Plant Sciences, Université d’Oxford), Marie Teresa Cervera, examinatrice externe (Instituto Nacional de Investigacion y Tecnologia Agraria d’Espagne), Armand Séguin, examinateur externe (Centre de foresterie des Laurentides, Ressources Naturelles Canada), et François Belzile, examinateur interne (Institut de biologie intégrative et des systèmes, Université Laval). La défense était présidée par Nancy Gélinas, vice-doyenne aux études de la Faculté de foresterie, de géographie et de géomatique. Bravo Juliana!

En tant que professeure adjointe au Département des sciences du bois et de la forêt de l’Université Laval, Ilga Porth a rejoint la Chaire de recherche du Canada en génomique forestière en 2015. Biochimiste de formation, Ilga a obtenu un doctorat en génétique forestière de l’Université de Vienne (Autriche) et a complété un stage postdoctoral en génomique forestière à l’Université de Colombie-Britannique. Ses champs d’expertises couvrent la génomique forestière fonctionnelle et populationnelle en lien avec la physiologie du bois et celle de la résilience des arbres aux stress abiotiques et biotiques. Bienvenue Ilga!

FastTRAC (Tests Rapides pour l’Amélioration des Conifères) est un projet de partenariat à grande échelle avec comme mission d’appliquer les tests de sélection génomique à l’échelle opérationnelle des programmes d’amélioration génétique des épinettes. Lancé en 2015, le projet est appuyé financièrement par Génome Canada (Programme GAPP) et Génome Québec, et il regroupe des chercheurs, améliorateurs, forestiers et économistes de sept organisations canadiennes: la Chaire de recherche du Canada en génomique forestière de l’Université Laval, Forest Products Innovations (FPInnovations), le Centre canadien sur la fibre de bois (CCFB-CWFB), le Ministère des Forêts, de la Faune et des Parcs du Québec (MFFPQ), J.D. Irving Ltd (JDI), le New Brunswick Tree Improvement Council (NBTIC) et Ressources Naturelles Canada.

M. Benjamin Cinget, étudiant-chercheur sous la supervision des professeurs Jean Bousquet et Jean Beaulieu de la Chaire de recherche du Canada en génomique forestière, a défendu avec succès sa thèse de doctorat intitulée « Étude phylogéograhique pancanadienne du sapin baumier (Abies balsamea) et de ses relation avec le sapin subalpin (Abies lasiocarpa) dans l’ouest du Canada ». Sur la photo, on le voit entouré du comité d’évaluation de sa thèse avec, de gauche à droite, le professeur André Desrochers, président de la soutenance, Jean Beaulieu, Benjamin Cinget, Jean Bousquet et le professeur Damase Khasa du CEF-Laval et en vidéo à l’arrière, le professeur Selvadurai Dayanandan du Dép. de biologie de l’Univ. Concordia et le professeur Juan Pablo Jaramillo-Correa de l’Institut d’écologie de l’Université autonome de Mexico. Félicitations Benjamin !

La Chaire a été récemment renouvelée pour un troisième mandat de 7 ans, de 2015 à 2022, soit une première parmi les chaires de recherche du Canada de niveau senior.

Un merci à tous ses membres et collaborateurs!

Jean Beaulieu, Chercheur émérite et Professeur invité
Au terme d’une carrière scientifique bien remplie à Ressources Naturelles Canada, Jean Beaulieu a reçu en 2014 le statut de Chercheur émérite de l’organisme. Il a aussi été reçu comme Professeur invité au Département des Sciences du bois et de la forêt de l’Université Laval. Bravo Jean!