Les forêts canadiennes sont le moteur d’une activité économique importante au moment où les changements climatiques imposent une foresterie devant s’adapter plus rapidement. Nos travaux visent à rendre disponibles au secteur forestier des outils génomiques pour mieux diagnostiquer l’état des ressources génétiques naturelles et accélérer le développement de variétés adaptées et productives de plants.

La première orientation vise l’analyse génomique structurale et évolutive à grande échelle avec le séquençage et la cartographie du génome des conifères,  l’architecture génomique des caractères quantitatifs, la mise sur pied de catalogues de gènes et de registres centaines de milliers de SNPs, ainsi que le testage d’approches de génotypage à grand débit.

La  seconde orientation vise le diagnostic de la diversité génétique naturelle des espèces pour des fins de conservation des ressources génétiques par l’analyse de sa structuration géographique à l’échelle des paysages et des distributions entières. Les patrons de variation phylogéographique reliés à des facteurs historiques sont distingués de ceux découlant de la sélection naturelle par criblage génomique. Les zones d’hybridation entre espèces sont aussi étudiées, qu’elles soient d’origine naturelle ou induites par l’aménagement forestier.

La troisième orientation concerne la génomique fonctionnelle et la prédiction par la génomique pour les caractères reliés à l’adaptation et la productivité, avec comme finalité l’accélération de la sélection variétale dans un contexte de changements climatiques et de foresterie sur plus courtes rotations. L’étude du transcriptome et de l’épigénome est notamment visée, et des systèmes de sélection assistée par marqueurs ou par couverture du génome sont mis au point.